Sono circa 850 le specie di piante vascolari che crescono sul monte Zugna, considerando le sue pendici occidentali fin quasi al fondovalle, la cima e il Cengialto (dati della Fondazione Museo Civico di Rovereto, raccolti tra il 1990 e il 2015). Ciò corrisponde al 35% della flora del Trentino. Un valore elevato se si considera che il monte Zugna è piuttosto omogeneo dal punto di vista geomorfologico.

LE SPECIE MINACCIATE
Circa 40 sono le specie minacciate a livello trentino, come ad esempio Bunium bulbocastanum, ombrellifera forse importata qui durante la prima guerra mondiale, Centaurea alpina, specie assai rara in tutta Italia, Cypripedium calceolus, la nostra orchidea selvatica con i fiori più grandi, Gladiolus palustris, tipica di radure a bassa quota, Saxifraga bulbifera, specie mediterranea molto sporadica in Trentino, Trochiscanthes nodiflora, vistosa ombrellifera di faggeta diffusa nell'Appennino ma assai rara nelle Alpi, Viola pinnata, graziosa specie precoce presente sui ciglioni aridi che sovrastano la Val Cipriana.

LE SPECIE ENDEMICHE E QUELLE ESOTICHE
Le specie endemiche, ovvero ad areale limitato, sono una decina. Tra queste vanno citate tre specie particolarmente vistose: Primula spectabilis, endemica delle Prealpi tra Lombardia e il Veneto e reperibile presso la cima del monte Zugna; Iris cengialti, endemica dalle Prealpi sudorientali al Carso, prende il nome proprio dal Cengialto all'interno dell'area considerata; Pulmonaria vallarsae, endemica di un limitato settore prealpino e tipica di boschi freschi e che prende il nome dalla limitrofa Vallarsa.
Solo il 2% delle specie del monte Zugna sono esotiche (soprattutto extraeuropee) naturalizzate; ciò sta ad indicare una notevole naturalità della zona e la loro presenza è sostanzialmente limitata ai margini delle strade forestali.

GLI AMBIENTI
Nella conca presso il rifugio crescono varie specie tipiche delle praterie magre, come Dactylorhiza sambucina, Gentiana acaulis, Gentiana verna, Polygonum bistorta, Primula elatior subsp. intricata. A tratti l'acidificazione permette la formazione di un pascolo magro detto nardeto, con presenza di mirtillo nero e rosso (Vaccinium myrtillus, V. vitis-idaea). Si tratta di un ambiente delicato perché in assenza di utilizzo verrebbe presto invaso da arbusti e quindi dal bosco. Salendo verso la cima, al di sopra dell'ex ospedale militare, si trova una fascia di arbusti subalpini, dominata da salici (Salix appendiculata, S. glabra e S. waldsteiniana) e da ontano verde (Alnus viridis). La flora della vetta, non molto ricca, ospita, oltre alla già citata Primula spectabilis, anche Daphne striata, Leucanthemum heterophyllum, Pedicularis tuberosa, Paederota bonarota e Saxifraga mutata.