Il 2004 è l'anno della pubblicazione de Le età del Museo, un ricco volume sui 150 anni di storia del museo e delle sue collezioni e un doveroso omaggio agli studiosi che hanno reso l'istituzione un importante punto di riferimento culturale per la città di Rovereto. Seguono poi diverse monografie riguardanti l'ambito locale, come la biografia su Cassiano Conzatti (1862-1951), biologo e pedagogo trentino, o lo studio postumo Lagarina romana di Adriano Rigotti, edito quattro anni dopo la prematura scomparsa dell'autore, avvenuta nell'agosto del 2003. 

In occasione del bicentenario della morte, a Felice Fontana (1730-1805), originario di Pomarolo e noto come uno dei maggiori scienziati italiani del Settecento, viene dedicata una mostra, cui fa seguito la pubblicazione del catalogo. Altri due eventi offrono l'opportunità di dare alle stampe specifici volumi: la mostra temporanea Il vino di Dioniso e Criminalcivico, concorso letterario organizzato in collaborazione con il club “I vedovi neri”, da cui sono state poi tratte alcune rappresentazioni teatrali messe in scena al museo.

Frutto di intensa collaborazione tra ricercatori provenienti da varie Regioni l'opera di carattere botanico Atlante corologico delle Pteridofite nell'Italia nordorientale, che rappresenta il primo saggio di cartografia floristica sovraregionale in Italia. Importante occasione di scambio tra specialisti sono anche i Workshop in Geofisica organizzati annualmente dal museo a partire dal 2004.

Il Museo Civico di Rovereto cura anche la pubblicazione di due grandi raccolte bibliografiche legate alla geologia, la Bibliografia geologica d'Italia, aggiornamento ai volumi delle Bibliografie geologiche del Trentino-Alto Adige, Veneto e Friuli Venezia Giulia, e la Bibliografia sul Phylum Bryozoa (fossili e viventi), in convenzione con l'Universita' di Padova Dipartimento di Geologia, Paleontologia e Geofisica e il Servizio Geologico della Provincia Autonoma di Trento. Gli articoli sono catalogati e inseriti nella banca dati Bibliografia geologica consultabile on line in questo stesso sito Internet.