In anni recenti il Museo Civico va approfondendo tematiche relative alle nuove tecnologie applicate allo studio del territorio, in particolare alla dendrocronologia e al telerilevamento.
L'attenzione per il territorio è riconoscibile anche nell'impegno con cui il Museo partecipa agli studi sulla zona dei Lavini di Marco, dove il singolare paesaggio segnato dalle orme dei dinosauri rievoca una fase della storia della Terra poco conosciuta, durante la quale l'uomo ancora non esisteva.

Continuano inoltre le ricerche botaniche, che raccolgono e accrescono l'eredità degli studi ottocenteschi. Nel 2001 viene pubblicato l'esito di un'indagine durata una decina d'anni, che ha avuto come scopo la compilazione di una "lista rossa" della flora trentina, ossia di un elenco di specie minacciate ed estinte. L'indagine viene presentata anche ai visitatori del Museo con l'allestimento di una mostra temporanea.

In campo artistico, gli studi sul patrimonio cittadino e le collaborazioni con altri enti, come la Fondazione Querini Stampalia di Venezia, permettono di allestire mostre suggestive e di grande valore scientifico, dalle quali hanno origine le monografie riguardanti le collezioni d'arte roveretane e la figura di Neno Mori, il pittore veneziano attivo tra le due guerre, che fu particolarmente legato alla città trentina.

Grande attenzione viene riservata al mondo della scuola, cui non solo vengono destinati libri educativi e didattici, ma anche supporto nella pubblicazione di ricerche compiute dagli studenti stessi. Nella gestione delle attività didattiche il Museo si avvale del contributo dell'IPRASE, l'Istituto provinciale per la ricerca, l'aggiornamento e la sperimentazione educativi.

Fra le pagine del sito dedicate agli Annali del Museo sono inclusi altri studi importanti, pubblicati proprio in questi anni, come i risultati della Riunione scientifica del Gruppo di Floristica della Società Botanica Italiana dedicata all'analisi della diversità floristica nelle aree in quota (Supplemento al n. 14/1998 degli Annali), l'Atlante corologico della flora del Parco Naturale Paneveggio Pale di San Martino (Supplemento al n. 13/1997 degli Annali), le relazioni su Shallow Thetys presentate ad Albrechtsberg, in Austria, nel settembre del 1994 (Supplemento al n. 11/1995 degli Annali), ed infine i lavori del 24° Simposio della Società Estalpino-Dinarica di Fitosociologia sulla flora e la vegetazione dell'Insubria (Supplemento II al n. 11/1995 degli Annali).